История института начинается с 1949 года, когда был организован Отдел геологии Молдавского филиала Академии Наук СССР, который начал изучать геологическое строение территории республики и её минеральные ресурсы. В 1954 году, в составе Молдавского филиала Академии Наук СССР была создана опорная сейсмическая станция "Кишинёв", приступившая к инструментальным наблюдениям за сейсмическим режимом карпатских очагов землетрясений, а также к телеметрическим работам.

В 1958 году Отдел геологии Молдавского филиала Академии Наук СССР был преобразован в Институт геологии и полезных ископаемых Молдавского филиала Академии Наук СССР.

В 1967 г. на базе Института геологии и полезных ископаемых и опорной сейсмической станции "Кишинёв" для решения задач сейсмического строительства был организован Институт геофизики и геологии Академии Наук МССР, который с 1970 г. возглавлял академик, доктор геолого-минералогических наук А. В. Друмя. В настоящее время директором института является доктор хабилитат геофизических наук Василий Алказ.
При создании института в нём работало 35 человек, в том числе два доктора и шесть кандидатов наук. В настоящее время в институте работает 82 человек, включая 27 научного исследователя, 6 человек относящихся к административной части, 6 дополнительных работников, 12 инженеров и техников. Имеются 5 лабораторий и центр экспериментальной сейсмологии.
В общих чертах, полученные результаты способствуют получению продвинутых знаний в области основных сейсмологических проблем, особенностей механизма вранчанского эпицентра, разъяснения некоторых основных проблем литостратиграфии, режима развития земной коры в определённые геологические периоды, гидрогеологии, инженерной геологии и геохимии, особенно, которые относятся к защите окружающей среды. Экономический и социальный эффект исследований института в общем состоит в обеспечении защиты населения, уменьшение потерь, вызванных землетрясениями и геологическими разрушительными процессами. В 2006 году институт провёл ряд работ экспертного характера по распоряжению Правительства Республики Молдовы, и участвовал в подготовке нескольких проектов Правительственных Решений.